Son dönemlerinde muhtelif eserler kaleme aldı. En büyük eseri olan Risaletü't-Tevhid'i yazdı. Bazı müsteşriklerin (Doğubilimci) İslam'a yönelttikleri ithamlara karşı müdafaa maksadıyla, "El-İslam ve'l-Nasraniyye Ma'a'l-İlm ve'l-Medeniyye" adlı eserini yayınladı. Çok önem verdiği Kur'an-ı Kerim tefsirini tamamlamak kendisine nasip olmadı. Bazı kısımlarını neşretmiş, vefatından sonra ünlü talebesi Raşid Rıza tarafından tamamlanarak yayınlanmıştır. Henüz tasarladığı çalışmaları tamamlayamadan, 1905 Temmuz'unda vefat etti. Cenazesi, hükümet yetkililerinin de hazır bulunduğu, büyük bir kalabalık kitle tarafından kaldırılarak, Kahire'deki El-Afifi mezarlığına defnedildi

 

Abduh için kendisinden sonra birçok şey söylenmiştir. Ancak bunları söyleyen kişilerin bir çoğu onu anlamamış kişiler birçoğu ise onu anlamak istemeyen ve onu karalamaya çalışan kişilerdir. Çünkü o kur’an ve sünnette belirtilen İslamı tam olarak bütün açıklığıyla yaşamış ve yaşatmaya çalışarak adeta haykırmıştır.

 

İslamiyet'in özünde; Allah'a teslimiyet, Peygamber'e (asm) hürmet ve Kur'an-ı Kerim'e meftuniyet vardır. İslam akla büyük önem verir. Bu özellik garbı (batıyı) anlamada kolaylık sağlar. İslam özgür irade dinidir. Halk arasında yanlış bir şekilde yerleşmiş bulunan, yanlış mukadderat inancına eleştiriler getirerek halkın iradesi ile tecelli eden yönetimin faziletlerini övdü. Doğru düşünce ve salih amel arasında dinamik bir ilişkinin var olduğunu savundu. Mantık ve düşüncenin önemine değinerek, ihmal edilen İslam felsefesinin canlanması için çaba sarf etti. Akli deliller imanı zayıflatmanın aksine, güçlenmesine vesile olur. Düşünme sanatı ve bilimi olarak gördüğü mantık ilminin değerinin tam olarak anlaşılması, İslam Kelamının daha iyi anlaşılmasına katkıda bulunacağı gibi, gerekli de olduğunu savundu.

 

Kur'an, bütün zamanları kapsayan değişmez bir anayasadır. İçtimai (sosyal) ve siyasi sıkıntıların giderilmesi, örgütlenmelerin sağlanması hususunda cevap veren bir temel kaynaktır. Batıdan iktibas edilen (alınan) kanunların hiçbir ayırım gözetmeksizin uygulamaya konulması zihinsel anarşiye sebep olduğu gibi, birlik ve beraberliğin de kaybına sebep olmuştur. Müslümanlar, hali hazırda dinlerinde görünmeyen, örtülü dinamizm unsurlarını harekete geçirerek kültürel ve ahlaki kurtuluşu gerçekleştirebilirler. Bu amaç için; Kur'an ve sünnetten çıkarılacak yasalarla kamu hukukunun gözetilerek öncelikli hale getirilmesi, dört mezhep (ehl-i sünnet) alimlerinin bir araya gelerek iyi noktaların kıyaslanarak birleştirilmesi, tevhidin sağlanması üzerinde ehemmiyetle durdu. Gerektiğinde, sadece bir mezhepten istifade etmekle kalınmayıp, her dört mezhebin hükümlerini ve hatta bunların dışındaki görüşleri de bir araya getirmek suretiyle karşılaştırılmalı ve en iyi senteze bu yolla gidilmesi gerektiğini yazdı.

 

Abduh, içtihat kapısının açık tutulmasından yanadır. Kişi bütün kayıtlardan bağımsız olarak düşünebilmeli, serbestçe araştırma yapabilmelidir. Din otoritesi sayılan kişilerin sunmuş olduğu bilgilerin delil gösterilmeden körü körüne taklit edilmesine karşıdır. Zamanın değişen şartlarına paralel olarak, yeni yeni ortaya çıkan meselelere tatmin edici cevaplar verebilmek için içtihat kapısının açık olması gerektiğini savundu. Akılcı bir din olan İslamiyet, yeniliklere açıktır. İslam, insanları din adamı otoritesinden kurtarıp Yaratıcı ile yüz yüze getirmek suretiyle aracıları ortadan kaldırmıştır ve aracılara da gerek yoktur.

 

Abduh'a göre; din bilimleriyle fen bilimleri aynı kaynaktan gelmekle beraber kendilerine özgü düşünce şartları vardır. Dolayısıyla bunları, paralel yürütülmesi gereken iki ayrı akım olarak görmek gerekir. İslam'ın son din ve Hz. Muhammed'in (asm) son peygamber olmasından hareketle, insanların belli bir olgunluk seviyesine ulaştıklarından, vahiy artık gelmeyecek, dolayısıyla insanların "artık kendi ahlaki ve entelektüel kurtuluşlarını" kendilerinin yürütebilecekleri inancını taşır. Dinler tarihindeki gelişmelerden örnekler vererek, zamanla insaniyetteki tekamüle paralel olarak, dini kaidelerin kurallarının sertlikten yumuşamaya doğru bir seyir takip ettiğini belirtir. İnsanların akli olgunluğa eriştikleri bir zamanda İslam nazil oldu. En son gelen İslam, insanda var olan his ve duyarlılıkları birleştiren akla hitap etti. Aklı tabiatla uzlaştırdı. Esrar perdeleri ile beraber aracıları da ortadan kaldırdı. İnsanlar melekeleri vasıtasıyla günümüzde Allah'a daha da yakın oldular.